La noticia del Motín de Aranjuez (18 y 19 de marzo) llegó a la Ciudad de México el 8 de junio de 1808. El virrey José de Iturrigaray, elegido por intervención del primer ministro Manuel Godoy, se mostró consternado por los sucesos y por el apoyo de los españoles peninsulares residentes en Nueva España al partido fernandista. No obstante, ordenó los preparativos para realizar la jura y proclamación de Fernando VII como soberano de España e Indias. El 23 de junio los novohispanos tuvieron conocimiento del levantamiento del 2 de mayo en la metrópoli y, vía la Gaceta de Madrid, el 14 de julio estuvieron al tanto de las abdicaciones de Bayona y el nombramiento deJoachim Murat como lugarteniente general del reino. El virrey se reunió con los miembros de la Real Audiencia y acordaron guardar secreto de sus preocupaciones y cabildeos, en cambio dieron a conocer la abdicación de Fernando VII a través de La Gaceta de México el 16 de julio.

La situación en la metrópoli supuso una situación inédita que puso a discusión en quién radicaba la soberanía de los territorios bajo el dominio español. El estado de excepción originado por la abdicación de Fernando VII y la ocupación francesa dividió en dos partidos a la élite de Nueva España. Para algunos —en su mayoría españoles peninsulares cuyo portavoz era la Real Audiencia de México— el poder en Nueva España seguía radicando en el rey Fernando VII, aunque momentáneamente se encontrara ausente. De aquí que la estructura social y política del virreinato debía seguir inmutable y subordinada a la Corona española. Algunas de las figuras más representativas de esta postura fueron el inquisidor Bernardo de Prado y Obejero y Ciriaco González Carvajal. Para los otros —en su mayoría criollos representados por el Ayuntamiento de México— la situación era más compleja porque para ellos la naturaleza del vínculo entre España y Nueva España estaba encarnada en el rey, pero en su ausencia eran los pueblos a través de sus autoridades quienes debían ejercerla. En medio de la crisis política, los simpatizantes de esta última postura encontraron una oportunidad para reformar el régimen virreinal. Son representantes de este grupo el síndico Francisco Primo de Verdad y Ramos, el auditor de guerra José Antonio de Cristo y el regidor Francisco Azcárate y Lezama. Todos ellos fueron apoyados por el fraile mercedario Melchor de Talamantes.

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El 19 de julio de 1808 los miembros del Ayuntamiento propusieron al virrey Iturrigaray la creación de una Junta de Gobierno que ejercería la soberanía en Nueva España. De acuerdo con la propuesta, la junta sería autónoma respecto a aquellas que estaban formándose en España y estaría en vigencia mientras no se restituyera en el trono a Fernando VII o uno de sus herederos de la Casa de Borbón. El Ayuntamiento planteó la posibilidad de nombrar gobernador y capitán general a Iturrigaray, como medida para defender la integridad del territorio ante una eventual invasión de los franceses. El virrey acogió con beneplácito la propuesta, pues creía amenazada su posición tras la caída de su benefactor, sin embargo la Real Audiencia ratificó su postura con la excepción del oidor dominicano Jacobo de Villaurrutia —único miembro criollo de la Audiencia—, quien secundó inicialmente las propuestas e incluso propuso un congreso menos numeroso, representado por corporaciones civiles, eclesiásticas y militares. De esta forma, para el Acuerdo, se invitó a participar a los ayuntamientos de Xalapa, Puebla, y Querétaro, debatiendo de esta forma la manera en que debía proceder la colonia. El 28 de julio llegaron nuevas noticias de España: se conoció el levantamiento general de los habitantes de la península y de los establecimientos de juntas de gobierno en nombre de Fernando VII.

El virrey José de Iturrigaray convocó a una junta para el 9 de agosto, a la que asistieron los representantes civiles, militares y eclesiásticos, hasta sumar ochenta y dos participantes. El fin de la junta fue debatir la situación. A excepción de Villaurrutia, los miembros de la la Audiencia asistieron bajo protesta pues consideraban que había que seguir las indicaciones de la Junta de Sevilla. Por lo tanto, calificaron de innecesaria la reunión convocada por el virrey. El Ayuntamiento de México recibió el apoyo de los ayuntamientos de Xalapa y Veracruz, de hacendados de esas regiones, así como de algunos gobernadores de las parcialidades de indios. Primo de Verdad y Azcárate propusieron que, en ausencia del monarca, la soberanía de la colonia debería quedar en manos del pueblo. El cual estaría representado por los diversos ayuntamientos, así como con los diputados de cabildos seculares y eclesiásticos. De esta forma la soberanía estaría delegada en un congreso.

El Ayuntamiento de México apelaba a las Leyes de Partida para justificar la existencia de una junta que ejerciera la soberanía en ausencia del rey. Con algunas excepciones, como Primo de Verdad o Talamantes, los integrantes del Ayuntamiento y sus simpatizantes eran más bien conservadores. Al apoyar el establecimiento de la junta no pensaban en la representación popular, sino en la instalación de un gobierno formado por autoridades reconocidas y representantes de los cabildos municipales. La opción del Ayuntamiento no contemplaba la separación de España, sin embargo, el bando opuesto entendió lo contrario. Para ellos, el establecimiento de la Junta de México era una amenaza contra la permanencia del sistema colonial del que eran beneficiarios. El reconocimiento de la Junta soberana implicaba la renuncia a la hegemonía económica y política de los españoles peninsulares durante tres siglos. Los peninsulares fundaron sus ideas en las Leyes de Indias aduciendo que era el virrey quien debía conservar la autoridad y sus acciones deberían ser consultadas con el Acuerdo.

La tesis de la soberanía de los pueblos anatematizada por el inquisidor Prado y Obejero con el apoyo del oidor Guillermo Aguirre. La discusión entre los bandos fue acalorada y no logró conciliar posturas. Iturrigaray ironizó sobre la posibilidad de reconocer al duque de Berg, con la negativa unánime de los presentes. Al apoyar la postura del Ayuntamiento, el virrey se distanció de los partidarios de la Audiencia. Como conclusión de la reunión del 9 de agosto se acordó que las autoridades establecidas en Nueva España seguirían vigentes, en tanto que el virreinato no reconocería otras que no fueran las instituidas por Fernando VII o por "quienes tuviesen sus poderes legítimos".

El 31 de agosto se celebró una nueva reunión. Los miembros de la Audiencia aprovecharon para secundar a los comisionados de la Junta de Sevilla que habían llegado a la capital novohispana. De esta manera manifestaron su rechazo a la resolución del 9 de agosto y tacharon de inepto a Iturrigaray. Respaldado por una carta de la Junta de Asturias, el virrey convocó una nueva reunión para el 1° de septiembre, donde expuso que ninguna de las juntas formadas en España reconocía la soberanía de las otras. Después de una votación, la Junta de México volvió a desconocer a la de Sevilla. Iturrigaray notificó por carta a las juntas españolas la postura de los novohispanos, y procedió a solicitar a los ayuntamientos del virreinato el envío de representantes a la capital. Para apoyar a la metrópoli, el virrey ordenó embarcar catorce y medio millones de pesos del Tesoro, y cien mil pesos adicionales para ayudar a la Junta de Sevilla.

El 9 de septiembre se celebró una última junta general que sólo sirvió para irritar los ánimos y aumentar el antagonismo entre criollos y europeos. Durante los días siguientes corrieron la Nueva España unos rumores difamatarios hacia la persona del virrey. Los peninsulares, respaldados por los comisionados de la Junta de Sevilla, decidieron deponer al virrey.

Encabezados por Gabriel de Yermo, los enemigos de Iturrigaray se sublevaron el 15 de septiembre de 1808. El palacio virreinal fue asaltado por un contingente de trescientos hombres y al mismo tiempo fueron aprehendidos Primo de Verdad, Cristo, Azcárate y el fraile Talamantes. El virrey y su familia fueron conducidos a Cádiz para enfrentar un proceso judicial. Villaurrutia fue excluido en su calidad de oidor. Pedro de Garibay fue nombrado virrey sustituto de Nueva España, cargo que ocupó hasta mayo de 1809 siguiendo siempre la línea dictada por la Audiencia de México. El 4 de octubre de 1808, Primo de Verdad murió de forma extraña en la cárcel del Arzobispado. El 9 de mayo de 1809, Talamantes murió de fiebre amarilla en la cárcel de San Juan de Ulúa. Después de una breve tiempo en prisión, Antonio de Cristo fue destituido de la Auditoría de Guerra. Azcárate fue encarcelado en el convento de Betlemitas, lugar en donde permaneció preso hasta diciembre de 1811.

La Real Audiencia de México informó a la Junta de Sevilla acerca de los acontecimientos, argumentando que el "pueblo enardecido" había sido el responsable del derrocamiento del virrey. El nuevo gobierno virreinal envió cartas a la Suprema Junta de Sevilla reconociendo su soberanía. A diferencia de lo que sucedió en otros virreinatos, el golpe de Estado en Nueva España impidió que se estableciera una junta local.